Kościół Matki Bożej Loretańskiej to najstarsza świątynia Pragi. Powstanie tego cennego zabytku związane jest z zakonem bernardynów. Zakonnicy przybyli tu w 1617 r sprowadzeni przez Zofię, żonę kanclerza królewskiego koronnego Feliksa Kryskiego. W tym samym roku kamień węgielny pod kościół i klasztor poświęcił biskup płocki Henryk Firlej w obecności króla Zygmunta III Wazy i całego jego dworu.
Dzięki wsparciu monarchów - Zygmunta III i jego syna Władysław IV - wzniesiono w latach 1628 - 1638 murowany kościół i klasztor. Świątynia początkowo poświęcona św. Andrzejowi od 1738 r. otrzymała za Patronkę Najświętszą Maryję Pannę Niepokalanie Poczętą. Ojcowie Bernardyni przy południowej ścianie swojego kościoła wznieśli kaplicę z Domkiem Loretańskim. Autorem projektu był prawdopodobnie królewski architekt Konstantyn Tencalla. Uroczyste poświęcenie kaplicy Loretańskiej miało miejsce w 1642 r. Głównym inicjatorem jej budowy był gwardian praskiego klasztoru, o. Wincenty Morawski, który będąc w Loreto, dokonał pomiarów poszczególnych elementów i detali Domku Loretańskiego, by móc go w Polsce jak najwierniej odtworzyć.
Inicjatywa Ojców Bernardynów spotkała się z życzliwym przyjęciem wiernych. Budowę hojnie wsparł król Władysław. Szlachta, duchowieństwo i mieszczanie również nie szczędzili ofiary na budowę. Gdy król Władysław IV nadał Pradze w 1648 roku prawa miejskie, w herbie miasta znalazł się wizerunek Matki Bożej z Dzieciątkiem nad kaplicą Loretańską podtrzymywaną przez anioły.
Figurę Matki Bożej Loretańskiej - sprowadzoną do Polski przed 1640 r. zapewne przez króla Władysława IV - początkowo od wiernych oddzielała krata. Posąg odziany był w szaty z drogocennych tkanin, które ofiarowała Anna Katarzyna, siostra króla Władysława IV. Skronie Matki Bożej i Dzieciątka zdobyły złote korony, ofiarowane przez królową Cecylię Renatę. Przed figurą płonęło 14 pochodni-lamp ze złoconego srebra.
Kaplica od chwili powstania stała się miejscem szczególnego kultu. Żyjący w XIX wieku historyk Warszawy Franciszek M. Sobieszczański pisze: "Tutaj co sobota w czasie adwentu zbierali się tłumami z okolic i ze stolicy ludzie i na kolanach odbywali podróż po korytarzach. W każdą inną sobotę odbywali po południu do Loretu praskiego podobne pielgrzymki studenci z Warszawy ze szkół pijarskich i jezuickich pod przewodnictwem właściwych prefektów i nauczycieli. W porze zimowej, kiedy Wisła stanęła, odbywał się uroczysty pochód przez rzekę, z muzyką, z chorągwiami i ze światłem. (...) W takim poszanowaniu i nabożeństwie słynęło to miejsce aż do ostatnich czasów Rzeczypospolitej".
W czasie potopu szwedzkiego podczas trzydniowej bitwy o Warszawę w lipcu 1656 r. kościół, kaplica i zabudowania klasztoru zostały uszkodzone i ograbione. Dzięki darowiźnie kasztelana krakowskiego Stefana Warszyckiego i jego brata Michała, wojewody sandomierskiego, kaplica i klasztor zostały odbudowane. Ponownie ograbiono świątynię podczas szturmu wojsk rosyjskich Aleksandra Suworowa na Warszawę w 1794 r.
W czasach napoleońskich w związku z budową na Pradze fortyfikacji władze Księstwa Warszawskiego na polecenie Francuzów wydały nakaz rozbiórki kościoła bernardynów. W 1811 r. rozebrano świątynię i klasztor. Podobny los spotkał wiele innych budynków na linii Wisły do ul. Targowej. Dzięki zdecydowanemu sprzeciwowi miejscowej ludności, przywiązanej do kultu Matki Bożej, kaplica Loretańska nie została rozebrana. Jednak zakonnicy, opuszczając to miejsce, zabrali ze sobą figurę Matki Bożej, którą przenieśli do kościoła św. Anny na Krakowskim Przedmieściu, gdzie w latach trzydziestych XIX w. zbudowali specjalną kaplicę.
Po zakończeniu wojen napoleońskich ogołocony Domek Loretański pozostał jedyną świątynią na Pradze. W miejsce otoczonej kultem figury Matki Bożej Loretańskiej pojawiła się gotycka rzeźba Maryi z Dzieciątkiem zwana Matką Boża Kamionkowską. Znajdowała się ona pierwotnie w kościele św. Stanisława na Kamionie. Podczas potopu szwedzkiego ówczesny proboszcz, przenosząc się do Skaryszewa, zabrał figurę ze sobą, umieszczając ją w ołtarzu głównym kościoła skarszewskiego, gdzie cieszyła się szczególną czcią. Gdy w 1807 r. rozebrano kościół na Skaryszewie, przeniesiono figurę do Domku Loretańskiego na Pradze. Drewniana statua Matki Bożej Wniebowziętej, licząca 122,5 cm wysokości, powstała na Mazowszu około 1500 r.
W Związku z tym, że kaplica Loretańska była w XIX w. jedyną czynną świątynią na Pradze, stała się nie tylko maryjnym sanktuarium, ale również zaczęła pełnić funkcję kościoła parafialnego. Na początku XX wieku podczas remontu zabytkowej budowli odnaleziono pod schodami schowek, a w nim 10 kielichów, trybularz, 3 lampy zachowane z pierwotnego wyposażenia (14 takich lamp płonęło niegdyś przez figurą Matki Bożej Loretańskiej).
Kaplica doznała uszkodzeń na początku II wojny światowej i w 1944 roku w wyniku ostrzału artyleryjskiego. Odbudowano ją, zarazem przebudowując, w 1853 r. według projektu Alfonsa Kropiwnickiego. Wzniesiono wtedy attykę przy wejściu z klasycystycznym piętrowym portalem. Krużganki i Domek Loretański pokryto wspólnym dachem, dostosowując wnętrze świątyni do potrzeb parafii.
Na podstawie artykułu "Loreto nad Wisłą" autorstwa Andrzeja Kuleszy.